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| Generelle Informationen zum Thema "Alles rund um Rosetta@Home" |
Projektinformationen zu Rosetta@Home:      |
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21.10.2012, 13:25 Uhr
Wettermann (41,m)
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ein neues Institut zum Proteindesignen wird eröffnet !
Project News Oct 21, 2012
| Zitat: | "Message 74065 - Posted 21 Oct 2012 5:47:09 UTC
I have exciting news.
We and the University of Washington are starting up a new Institute for Protein Design to design new proteins to address current challenges in medicine, energy, and other areas. You can learn more about the institute at http://depts.washington.edu/ipd/. Rosetta@home is and will continue to be a critical part of our efforts. For every new potential protein therapeutic we design, we use Rosetta@home to test whether it will actually fold into the desired structure. And we need help! We have quite a backlog of exciting new designed proteins to test on Rosetta@home because we are designing proteins for quite a range of problems-new anti flu proteins, anti-cancer proteins, and new materials--and it takes 3000-5000 work units to test each one. This Rosetta@home testing is becoming the slow step in the whole design process, often taking over 10 days to complete. So please tell your friends and relations to join us!
A generous donor has provide funds which we want to use to invite 5-10 Rosetta@home participants to visit the Institute and see what we are trying to accomplish first hand. More on this in my next post." |
Zitat Ende
Rosetta@home und die Universität von Washington werden ein neues Institut zum Designen von Proteinen aufmachen: http://depts.washington.edu/ipd/
Für jedes Protein,was vorhergesagt wird,wird Rosetta@home zum Testen benutzt werden.Z.B. werden Proteine gegen die Vogegrippe,gegen Krebs oder auch neue Materialien getestet werden - wir brauchen etwa 3000 bis 5000 WU´s je Test und diese Tests werden durchaus 10 Tage Rechenzeit benötigen können.
Verbreitet bitte die Nachricht von dieser Sache.
Auch sind wohl später Besuche des Instituts für 5-10 Rosetta@home Teilnehmer vorgesehen.Näheres im nächsten Post !
sagt Tommy der Wettermann
Der Weltraum ist riesig;viel größer,als wir uns vorstellen können.
Wenn wir wirklich allein im Weltall sein sollten,wäre das nicht eine gewaltige Platzverschwendung? (Contact)
Dieser Post wurde am 21.10.2012 um 13:25 Uhr von Wettermann editiert. |
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08.11.2012, 15:20 Uhr
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Neuer Journal-Post von David Baker, in dem es um einen Durchbruch im Proteindesign geht:
| Zitat: | Nov 8, 2012
Journal post from David Baker
With your help, we have made an exciting breakthrough in protein design that is reported in a research article titled "Principles for designing ideal protein structures" in the journal Nature today. You can read about it at
http://www.nature.com/news/proteins-made-to-order-1.11767
In this paper, we describe general principles for creating new proteins from scratch. The new Institute for Protein Design is using these principles to design new proteins to treat disease.
Rosetta@home was absolutely critical to this work as described in the news article; Figure 3 in the paper shows how all of your contributions were used to test designed sequences to see if they folded up to the right structure. Most of the work units we are sending out on Rosetta@home these days are for exactly these kind of tests on the new proteins we are designing--this is absolutely critical to the research and to the development of new therapeutic and other functions. Thank you again for all of your contributions! |
Meine MundayWeb-Stats / eigene UotD-Liste / BOINCstats-Sig / PG-Stats
Dieser Post wurde am 08.11.2012 um 15:21 Uhr von DoctorNow editiert. |
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10.11.2012, 14:00 Uhr
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| Zitat: | Nov 10, 2012
Journal post from David Baker
We would like to acknowledge the Rosetta@Home participants who found the lowest energy structures for Nobu and Rie's designed proteins:
Fold-I : Aalelan (United States)
Fold-II : Jef (United States)
Fold-III : georgebg (Bulgaria)
Fold-IV: medvjet009(Czech Republic)
Fold-V : _2e_ Russia.
See Nobu's message board thread on "Principles for designing ideal protein structures" (http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum_thread.php?id=6113) for more information including a figure illustrating the critical role played by Rosetta@home in this work. And check out the latest on slashdot:
http://science.slashdot.org/story/12/11/09/020241/proteins-made-to-order
This and other publications from the lab are available at depts.washington.edu/bakerpg
Thanks again to everybody!! |
Diverse Teilnehmer fanden die niedrigsten Energiestrukturen für Nobu und Rie's Proteine (siehe oben).
Im Messageboard gibt es weitere Infos dazu.
Meine MundayWeb-Stats / eigene UotD-Liste / BOINCstats-Sig / PG-Stats
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15.11.2012, 10:14 Uhr
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Noch zwei Meldungen von gestern:
| Zitat: | Nov 14, 2012
A number of users are having issues with our screensaver application automatically running in a pop-up window. We currently are not able to reproduce this on our test machines so we are asking users to please post any information that may help us track down this bug. Please post on this message board thread specific information about the boinc client version and platform version. We are also investigating another issue that may be related to an increase in our application database size. |
Es gibt momentan ein Problem mit der Screensaver-Anwendung. Da dies auf den Testmaschinen nicht reproduziert werden kann, seid ihr als User gefragt, alle Informationen zu liefern, um den Fehler zu finden. Ihr könnt dazu diesen Thread benutzen und nennt eure BOINC-Client- und Plattformversion.
| Zitat: | Nov 14, 2012
An application update to version 3.45 has been made to address a serious bug occurring on Windows 64 bit platforms. If you are running Windows 64 bit clients, please cancel existing Rosetta@home jobs that are either cached or running the older 3.43 application version. You may see a blank Rosetta@home screensaver window which you should manually exit/close. We are sorry for any inconvenience and we are updating our scripts and process to prevent this from happening again in the future. For more information about this issue you can go to this message board thread. Thank you to those that have posted on this thread and have helped to identify the root cause of this issue. |
Mit der Version 3.45 wurde ein Problem auf Windows 64-Bit-Plattformen behoben. Bitte brecht Jobs ab, wenn diese gecached sind oder noch mit der 3.43-Version laufen. Dabei kann ein blankes Screensaver-Fenster auftauchen, das ihr manuell schließen müßt. Wir entschuldigen uns dafür, hier gibt's noch zusätzliche Infos falls nötig.
Meine MundayWeb-Stats / eigene UotD-Liste / BOINCstats-Sig / PG-Stats
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16.12.2012, 17:23 Uhr
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| Zitat: | Dec 15, 2012
Journal post from David Baker
The CASP10 meeting just finished and all the results are on line so you can see what all your contributions made possible! Ray has posted a great summary of the results in the CASP10 thread on the science message boards. Overall, Rosetta@home was top or near top in most categories. I hate to embarrass David Kim who created RosettaHome and has kept it going, but his contact guided predictions were the highlight of CASP10 as they were vastly better than those of any other group. You can see this at
http://predictioncenter.org/casp10/results.cgi?view=targets&model=all&tr_type=others&groups_id=4
David's predictions are the black lines, those of other groups are in orange, better models stay below the rest of the pack.
Thanks to all of you who contributed to CASP10!! |
Das CASP10-Treffen ist beendet und alle Ergebnisse sind online. Im Wissenschafts-Messageboard gibt's eine große Zusammenfassung. Mehr dazu auch unter diesem Link.
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21.01.2013, 18:39 Uhr
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Serverauszeit bei Rosetta
| Zitat: | "Jan 20, 2013
Our servers will be down for 6hrs starting tomorrow (Monday) afternoon (12-6PM) for hardware upgrades." |
Heute von 12 Uhr Mittags bis 18 Uhr abends (wahrscheinlich UTC-Zeit) werden die Server aufgrund von Hardwareupgrades abgeschaltet sein.
sagt Tommy der Wettermann
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19.02.2013, 09:56 Uhr
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| Zitat: | Feb 18, 2013
One of the R@H servers stopped for a while and this caused quite a traffic jam for all the results coming back from all of you. We've brought things back online and the queue is slowly clearing. Sorry for the bother. |
Einer der Server stoppte und verursachte einen ordentlichen Stau durch alle zurückkommenden Ergebnisse von Usern. Die Queue klärt sich langsam.
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22.02.2013, 11:06 Uhr
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Wartungsarbeiten
| Zitat: | "Feb 21, 2013
R@H will be down for a few hours starting at noon today in order to diagnose and fix an issue with our filesystem. Sorry for any inconvenience and thanks for your support!" |
R@H wird ab etwa Mittag für ein paar Stunden in den Wartungsmodus gehen,um einige Probleme mit dem Filesystem zu finden und zu beheben.
sagt Tommy der Wettermann
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11.03.2013, 13:01 Uhr
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| Zitat: | Mar 11, 2013
Journal post from David Baker
We have learned to design a new class of proteins which could be useful both as drugs and in sensors. As I've explained before, most drugs are small molecules with fewer than 50 atoms. There are many drugs, such as blood thinning agents, which are very dangerous if given in too large doses. We have succeeded in designing proteins which bind to specific small molecules very tightly. These proteins could be used as antidotes in case of overdose with the target small molecule-for example we've designed a protein which could be useful to treat toxicity due to overdose of the drug digoxin used to treat heart disease. With collaborators, we are working to use these designed proteins to detect levels of the target small molecules in the blood or in the environment. |
Das Design einer neuen Klasse von Proteinen könnte für Drogen und Sensoring nützlich sein. Die meisten Drogen sind kleine Moleküle mit weniger als 50 Atomen. Es gibt viele Drogen, wie Blutverdünnungsmittel, die in zu hohen Dosen sehr gefährlich sind. Das Design von Proteinen, die sich an spezielle kleine Moleküle binden, war erfolgreich. Diese Proteine können im Fall einer Überdosis als Antidotes benutzt werden.
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25.04.2013, 15:58 Uhr
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| Zitat: | Apr 24, 2013
The backend network to R@H became 'fussy' over the past week resulting in an overall slowdown in performance (related to the power outage?). The network was 'rebooted' and things are back to normal. |
Die Leistung des Backend-Netzwerks sackte in der letzten Woche ab. Nach einem Reboot scheint aber alles wieder normal zu sein.
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27.04.2013, 15:40 Uhr
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| Zitat: | Apr 26, 2013
The minirosetta application is updated to 3.46. For details and to report bugs, go to this thread |
Die minirosetta-Anwendung wurde auf Verison 3.46 aktualisiert. Details und Bug-Reports dazu gibt's in diesem Thread.
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Dieser Post wurde am 27.04.2013 um 15:41 Uhr von DoctorNow editiert. |
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18.05.2013, 09:06 Uhr
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weiterhin Netzwerkprobleme
| Zitat: | "May 17, 2013
We again experienced networking problems with the backend of the R@H system. We're up and running again, but the system will be sluggish as the backlogged tasks are worked through. -DOVA and KEL" |
Es gibt weiterhin zeitweise Probleme mit dem Netzwerk.
sagt Tommy der Wettermann
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20.05.2013, 13:24 Uhr
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| Zitat: | May 20, 2013
Journal post from David Baker
We have discovered how to make several new classes of protein structures! Rosetta@home has been absolutely critical in this work: when we design a sequence to fold into a new structure, the last thing we do before ordering a synthetic gene so we can make the protein in the laboratory is to send it out to you to predict the structure-if it folds to the structure we designed, we go ahead with it, but if you find that the lowest energy state is a different structure we go back to the drawing board. Our success rate in making brand new structures is far higher than I or anybody else ever expected, and the reason the success rate is so high is that your calculations provide a very stringent test of whether the designed sequence will actually fold the way it is supposed to. In the next few weeks I and other scientists here will describe to you the new classes of proteins we are making, and the many applications they will be useful for. Thank you for your absolutely essential contributions to this newly emerging scientific field! |
Es wurde entdeckt, wie man verschiedene neue Klassen von Proteinstrukturen erstellen kann. Die Erfolgsrate dabei ist höher als erwartet.
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| Top Team-Länder |
 | 1.809.403.066 |  | 227.706.686 |  | 12.431.776 |  | 12.381.995 |  | 3.640.417 |
Komplette Liste |
| Serverzeit |
| 24.05.2013, 13:35 Uhr. |
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